科研聚焦 | CNS及其子刊：DNBSEQ平台用户2023年一季度科研成果速览（肿瘤篇）
随着高通量测序技术在肿瘤领域的应用越来越深入，华大智造DNBSEQ测序平台助力全球科学家在肿瘤发生机制、肿瘤早筛、肿瘤治疗靶点预测、药物筛选、治疗监测以及预后等多个研究方向陆续取得了突破性进展。
本篇聚焦了华大智造2023年第一季度DNBSEQ测序平台助力肿瘤领域研究的5篇具有代表性的文章，与大家分享肿瘤领域的最新科研成果。
文章题目：DNA methylation analysis explores the molecular basis of plasma cell-free DNA fragmentation
发表期刊：Nature Communications
影响因子：17.694
2023年1月18日，深圳湾实验室肿瘤所孙坤团队以及深圳华大生命科学研究院金鑫团队等在Nature Communications上发表了题为“DNA methylationa nalysis explores the molecular basis of plasma cell-free DNA fragmentation”的研究文章，该研究揭示了DNA甲基化程度是外周血中循环血浆游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）片段化程度的重要调控因子：低水平的DNA甲基化可提高核小体的可接触性和改变核酸酶在DNA片段化中的剪切活性。其中，华大智造MGISEQ-2000测序平台承担了cfDNA的全基因组测序工作。基于该理论研究团队开发了全新的泛癌种、跨平台癌症诊断标志物，深入探索了cfDNA片段化模式的分子机理以及临床转化价值。
2023年1月26日，由麻省总医院癌症中心（the Mass General Cancer Center）的研究人员进行的一项研究“Combined PD-1, BRAF and MEK inhibition in BRAFV600E colorectal cancer: a phase 2 trial”发表在Nature Medicine杂志上，作者团队就免疫检查点和MAPK抑制剂联合用药治疗方案进行了概念验证性、单组II期临床试验。其中，华大智造DNBSEQ测序平台承担了临床试验中类器官的RNA测序分析工作。该研究报告了对联合治疗有反应的患者的长期反应，并揭示了靶向治疗如何与免疫治疗合作以获得更好的结果。
文章题目：Transcriptomic analyses of patient peripheral blood with hemoglobin depletion reveal glioblastoma biomarkers
发表期刊：Nature子刊npj genomic medicine
影响因子：7.27
2023年1月25日，美国德克萨斯州Baylor Scott & White医学中心Erxi Wu研究团队的研究成果- “Transcriptomic analyses of patient peripheral blood with hemoglobin depletion reveal glioblastoma biomarkers”发表于Nature子刊npj genomic medicine。选取外周血进行胶质母细胞瘤(GBM)生物标志物的研究日益增多。与组织活检相比，外周血具有非侵入性，但由于缺乏可靠的检测方法，在临床中基于血液的生物标志物尚未被广泛应用。该研究发现了一种检测方法——全血RNA测序(WBGR)方法，该方法具有较高的检测敏感性，能够全面分析GBM患者血液中的突变基因，可有助于GBM的早期检测或临床管理。其中，华大智造DNBSEQ测序平台承担了研究中的RNA-seq过程。
2023年2月17日，Cell子刊iScience发表了西班牙某研究团队“Deep genomic analysis of malignant peripheral nerve sheath tumor cell lines challenges current malignant peripheral nerve sheath tumor diagnosis”的研究成果。恶性周围神经鞘瘤（MPNSTs）属周围神经系统软组织肉瘤，其具有偶发性或在1型神经纤维瘤病(NF1)的特定环境中发展，MPNSTs的诊断困难且治疗效果不理想。为此，该研究团队基于高深度测序确定了9种广泛应用的人类MPNSTs细胞系的详细基因组信息情况以促进它们在MPNSTs的转化医学研究中的应用。此外，该研究还表明MPNSTs的系统性分析，结合病理学、基因组与分子诊断结果对改进这些恶性肿瘤的鉴别诊断和分类的必要性，其中，全基因组测序采用了华大智造DNBSEQ测序平台。
2023年3月3日，大阪大学医学院医学创新与转化研究中心在Nature子刊british journal of cancer上发表了题为“Cancer-specific tissue-resident memory T-cells express ZNF683 in colorectal cancer”研究文章， TRM细胞不仅与病毒感染和自身免疫性疾病有很大关联，而且与许多癌症中的细胞毒性相关。该研究阐明了TRM细胞在结直肠癌（CRC）中的作用，并探究了癌症特异性TRM细胞基因组信息表达情况，其中单细胞RNA-seq采用了华大智造MGISEQ-2000平台。研究结果表明，CD103/CD8 肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的数量是结直肠癌的预后预测因素，ZNF683表达是癌症特异性Trm细胞的候选标志物之一，同时，IFN-γ和TCR信号传导以及ZNF683表达都参与了肿瘤中的TRM细胞活化，有望成为癌症免疫调节的靶标。
高通量测序技术为生命科学研究提供了前所未有的机遇。华大智造秉承“创新智造引领生命科技”的理念，坚持通过领先的技术为肿瘤领域的多方向性的研究提供设备与系统，涵盖从文库制备到数据处理的全流程，为肿瘤预防和辅助诊断等前沿研究贡献底层工具力量。
DNBSEQ平台用户2023年第一季度CNS系列发文的不完全统计（下滑查看↓）
特别鸣谢：
深圳湾实验室肿瘤所、深圳华大生命科学研究院
麻省总医院癌症中心
美国德克萨斯州Baylor Scott & White医学中心
Hereditary Cancer Group, Germans Trias i Pujol Research Institute (IGTP)
大阪大学医学院医学创新与转化研究中心